Index

A

add_node() (ehreact.diagram.diagram.Diagram method)

atoms_are_different() (in module ehreact.helpers.transition_state)

B

bond_order_increases() (in module ehreact.helpers.transition_state)

bond_to_label() (in module ehreact.helpers.transition_state)

C

calculate_diagram() (in module ehreact.train.calculate_diagram) calculate_diagram_single_reactant() (in module ehreact.train.calculate_diagram) calculate_diagram_transition_state() (in module ehreact.train.calculate_diagram) calculate_diversity() (in module ehreact.train.calculate_diagram) calculate_score() (in module ehreact.predict.make_prediction) canonicalize() (in module ehreact.helpers.rdkit) canonicalize_with_h() (in module ehreact.helpers.rdkit) changed_bonds() (in module ehreact.helpers.transition_state)

changed_labels() (in module ehreact.helpers.transition_state) check_if_reaction() (in module ehreact.helpers.rdkit) check_one_extension() (in module ehreact.train.hasse) CommonArgs (class in ehreact.arguments) compute_aam_with_h() (in module ehreact.helpers.transition_state) compute_aam_without_h() (in module ehreact.helpers.transition_state) create_new_node() (ehreact.diagram.diagram.Node method) create_root_node() (ehreact.diagram.diagram.Node class method)

D

default_score_generator() (in module ehreact.predict.score) delete_edges_around_node() (ehreact.diagram.diagram.Diagram method) Diagram (class in ehreact.diagram.diagram)

do_charges_fit() (in module ehreact.helpers.rdkit) double_quoted() (in module ehreact.diagram.plot_hasse) draw_mol() (in module ehreact.diagram.plot_hasse)

E

Edge (class in ehreact.diagram.diagram) ehreact.diagram.diagram module ehreact.diagram.plot_hasse module ehreact.helpers.rdkit module ehreact.helpers.transition_state module ehreact.helpers.utils module ehreact.predict.make_prediction module

ehreact.predict.predict module ehreact.predict.score module ehreact.train.calculate_diagram module ehreact.train.hasse module ehreact.train.train module enlarge_rule() (in module ehreact.train.hasse) extend_by_atom() (in module ehreact.train.hasse) extend_by_single_match() (in module ehreact.train.hasse) extended_hasse() (in module ehreact.train.hasse)

F

fill_information() (in module ehreact.train.calculate_diagram) find_common() (in module ehreact.helpers.rdkit) find_highest_template() (in module ehreact.predict.make_prediction)

find_lowest_template() (in module ehreact.train.calculate_diagram) find_matching_atoms() (in module ehreact.helpers.rdkit) findsubsets() (in module ehreact.helpers.utils) force_charge_fit() (in module ehreact.helpers.rdkit)

G

get_changed_atoms() (in module ehreact.helpers.transition_state) get_fragments_for_changed_atoms() (in module ehreact.helpers.transition_state) get_max_possible_rules() (in module ehreact.train.hasse)

get_possible_extensions() (in module ehreact.train.hasse) get_strict_smarts_for_atom() (in module ehreact.helpers.transition_state) get_tagged_atoms_from_mol() (in module ehreact.helpers.transition_state)

H

has_one_extension() (in module ehreact.train.hasse)

highest_sim() (in module ehreact.predict.score)

I

include_bonds() (in module ehreact.helpers.transition_state)

insert_node() (ehreact.diagram.diagram.Diagram method) iterate_algorithm() (in module ehreact.train.hasse)

M

make_fragment_indices() (in module ehreact.helpers.rdkit) make_mol() (in module ehreact.helpers.rdkit) make_mol_no_sanit_h() (in module ehreact.helpers.rdkit) make_mols() (in module ehreact.helpers.transition_state) make_prediction() (in module ehreact.predict.make_prediction) make_ts() (in module ehreact.helpers.transition_state) mapping_list_dict() (in module ehreact.helpers.transition_state) match_and_mol_transition() (in module ehreact.helpers.rdkit) match_includes_reaction_center() (in module ehreact.helpers.rdkit) module ehreact.diagram.diagram ehreact.diagram.plot_hasse ehreact.helpers.rdkit ehreact.helpers.transition_state ehreact.helpers.utils ehreact.predict.make_prediction ehreact.predict.predict ehreact.predict.score ehreact.train.calculate_diagram ehreact.train.hasse ehreact.train.train

mol_to_rxn_smiles() (in module ehreact.helpers.rdkit) mol_transition() (in module ehreact.helpers.rdkit) mols_are_equal() (in module ehreact.helpers.rdkit) moltosmiles_transition() (in module ehreact.helpers.rdkit) morgan_bit_fp_from_mol() (in module ehreact.helpers.rdkit) move_node() (ehreact.diagram.diagram.Diagram method)

N

Node (class in ehreact.diagram.diagram)

P

plot_hasse() (in module ehreact.diagram.plot_hasse) plot_iteration() (in module ehreact.diagram.plot_hasse) predict() (in module ehreact.predict.predict) PredictArgs (class in ehreact.arguments) preprocess() (in module ehreact.helpers.rdkit)

preprocess_rxn() (in module ehreact.helpers.rdkit) preprocess_seeds() (in module ehreact.helpers.rdkit) process_an_example() (in module ehreact.helpers.transition_state) process_args() (ehreact.arguments.CommonArgs method) (ehreact.arguments.PredictArgs method) (ehreact.arguments.TrainArgs method)

Q

quick_match() (in module ehreact.train.hasse)

R

read_in_reactions() (in module ehreact.helpers.rdkit) read_in_reactions_unique() (in module ehreact.helpers.rdkit) read_in_smiles() (in module ehreact.helpers.rdkit)

read_in_smiles_unique() (in module ehreact.helpers.rdkit) remove_linear_chains() (in module ehreact.diagram.plot_hasse) run_dot() (in module ehreact.diagram.plot_hasse)

S

sanity_check() (in module ehreact.diagram.diagram)

T

tanimoto_from_fp() (in module ehreact.helpers.rdkit)

train() (in module ehreact.train.train) TrainArgs (class in ehreact.arguments)

W

write_beginning_dotfile() (in module ehreact.diagram.plot_hasse) write_edge() (in module ehreact.diagram.plot_hasse)

write_end_dotfile() (in module ehreact.diagram.plot_hasse) write_fragment_list_to_root() (in module ehreact.train.calculate_diagram) write_node() (in module ehreact.diagram.plot_hasse)